Есть специализированный минимальный загрузчик
UEFI:NTFS для FAT32-раздела, который только и умеет, что подгружать драйвер NTFS, находить NTFS-раздел и загружать следующий загрузчик с NTFS-раздела.
Ссылка на готовый образ раздела.
Создайте GPT-разметку на флешке, создайте два раздела: первый на весь размер флешки без 1 МБ, второй — размером в 1 МБ и типом EF00. Первый отформатируйте в NTFS, на второй запишите образ по ссылке.
Secure Boot при такой загрузке работать не будет: UEFI:NTFS не подписан.