VZVZ

Через exec и stdout/stdin (правда, не знаю, возможно ли последнее со стороны PHP).

Да. XML-документирование можно использовать (<summary> и т.д.), тогда документацию "подхватит" IntelliSense, + есть утилиты, которыми по этой документации можно сгенерить html.

Расширение файла смените на .php
Если и так .php - выкиньте уже это старье денвер и поставьте XAMPP какой-нибудь.

> но вся проблема в том, что общается она посредством Socket http соединения, из-за этого две вышеуказанных тулзы не видят ее
WTF?
Вообще-то это HTTP-снифферы
И любые HTTP-запросы являются также и TCP-пакетами, т.е. подходят под ваше выражение "Socket http соединение".
Всё они видеть должны.
Но, возможно, запросы идут без прокси (а не через системный), потому и обходят Fiddler стороной. Нужно попробовать тулзы вроде Proxifier, ну или еще как принудительно задать прокси для джавы...
Еще можно Wireshark попробовать, но не уверен, пока не пробовал его для таких случаев.

> автор забросил проект
> не хочу нарушать права разработчика
facepalm

> накрыто Зельдой
Хз что это. Обфускатор? Или вы опечатались, и на самом деле хотели другое созвучное слово написать, ну, этим предметом тоже часто всё накрывается?
Вообще для джавы далеко не один декомпилятор и дизассемблер...

Что значит "гонять все данные через api"? Вернее, как можно НЕ делать этого?
Что вы понимаете под REST API? Часто его понимают по-разному.
Как я понял: REST API на самом деле означает никакой не AJAX и не JSON, а просто удобную форму URLов (CRUD и т.д.), а насчет AJAX и формата (JSON, HTML или что) оно никаких правил не диктует.

Но:
1) JSON создает тормоза на клиенте в браузере (клиент будет толстый - JSON надо парсить и рендерить в DOM). Ну так пусть API умеет возвращать как JSON ,так и готовый HTML, первый оставим мобилодесктопным клиентам, а второй в браузере - и всем будет хорошо. Примерно так сделано у VK, Facebook и мн. др.
2) тормоза появляются, когда просто очень много тяжелых запросов и много логики на клиенте. Пример: весь портал гугла. Но никаким API и архитектурой там вообще не пахнет, как по мне.
3) тормоза появляются, когда ради фигни перезагружают страницу целиком, а не частично. Но можно сделать AJAX. И логика аякса (HTML-версии API) будет не сильно отличаться от JSON-версии, одно легко переделать на другое.

Прям хотите на блюдечке с золотой каемочкой? Обломайтесь.
Никто не умеет толковых статей писать. Каждый в лучшем случае про свою задачу рассказывает и считает свой путь единственно истинным (от чего бы иначе вечные холивары-то были, если бы люди были толковые и разумно мыслящие?) А в худшем вообще ахинею несет, подслушанную у другого, а тот у третьего, как испорченный телефон.
Может и повезет, конечно. Но рассчитывать на такое...

Так что лучше привыкайте действовать как программист, а не как кодер или черт-ти кто: задачу составляйте сами, исследуйте аналоги (расширения IE (Browser Helper Object), например), в итоге определяйте, какие конкретно фичи вам нужны и как реализовать.
По поводу фич немного подскажу: обычно делается просто через экспорт функций из dll (которые затем динамически загружаются и выполняются приложением), либо через COM, как в случае с IE и дофига чем еще.

Контент-менеджер - это тот, кто создает и заливает контент на сайт (и редактирует его там).
Вот он должен уметь заливать контент по FTP (притом, используя разные FTP-клиенты), а не только через файловый менеджер в админке сайта/хостинга (которого [менеджера] там вообще может не быть).

Вот на основании чего вы свой хостинг рекомендуете? Просто по принципу "всяк кулик свое болото хвалит"? От такого мало толку, хотя удалять я бы не стал. Или есть чем мотивировать? Тык мотивируйте. Можно просто описать свои задачи, и объяснить, почему хостинг вам подошел. Если каждый будет так писать, глядишь, ТС найдет себя среди этих историй.

> когда на сервере/VPS запускается написанный на Си сервер, а в браузере - полноценная интерактивная "картинка" и работа игры.
Товарищ, вы VPS+VNC хоть раз вживую видели? Если вы его видели и тем не менее задаете такой вопрос, то я вас поздравляю, у вас быстрый инет.
Потому что будь у вас каких-нибудь 20 Мбит/сек, то картинка 1366x768 - рисовалась бы примерно 0.5-1 fps... Если я понятно выразился...
Короче, тормозить жутко графика будет при малой скорости инета.

> но без "танцев" с JavaScript?
Так и не понял, чем вам не угодил JS.

> возможно, что-то такое есть, пусть даже экспериментальное.
Пусть экспериментальное, пусть глючное гуано, но зато чтоб вашему капризу соответствовало?
Хороший подход, нечего сказать.

> без PHP
Почему? ИМХО, необоснованное требование. Стоит пересмотреть задачу.

А так, ну есть в современном JS какое-то API для баз данных на клиенте, вроде WebSQL называется. В PhoneGap как раз оно вроде используется.

Что такое "база данных sql"? SQL Server, SQLite, SQL Server CE?
Ну вот здесь есть исходники по всем трем:
www.codeproject.com/Tips/810596/Csharp-Cplusplus-C...
Но в грид не загружают базу данных, загружают SELECTом отдельную ее таблицу...

> если отправить запрос и спросить необходимые мне данные может и сам javascript
Если действительно JS может (для этого парсимая ссылка должен разрешать кросс-доменные запросы) и если не смущает, что парсинг будет создавать нагрузку на клиент и идти с его IP, то делайте на клиенте.