ThunderCat

тут насоветовали.... еще чуток дам джазу) :
1)if((isset($_POST['email'])&&$_POST['email']!="")) if(!empty($_POST['email'])) ...
2)

var form_data = $(this).serialize(); 
console.log(form_data);// есть подозрение что там нифига нет, 
//или поля называются совсем иначе нежели вы предполагали

3)

success: function(data) {
                	console.log(data);
            	} // вообще то надо проверить что нам вернулось от сервера. 
//Сукчесс это не значит что все прошло ок, просто скрипт отработал без ошибок

4)

$email = filter_var($_POST['email'], FILTER_VALIDATE_EMAIL);

по таким детальным требованиям можно только оценочно прикинуть, причем как объем работ так и сроки, цену и технологии. И оценка будет +- 4-7к убитых енотов в деньгах и +-4-5 месяцев работы, в зависимости от технологии и количества персонала. Если требования снизить до адекватных, все будет гораздо более прогнозируемо, дешевле и точнее в оценке.

$(document).ready(function () {
setTimeout(function() {
  $("#form1").magnificPopup.close();
}, 1000);
}

так, тестировать аккуратно, пишу по памяти:

update `items22` 
set `user_id` = 3 
where `user_id` !=0 
and  DATE(`updated_at`) < DATE (now()+INTERVAL 7 DAY)

Дата хз в каком у вас формате, может не сработать
Применять осторожно, перед применением взболтать сделать бэкап таблицы.

Чет деталей маловато для решения, что нужно и зачем? И чем принципиально на жс отличается от 2х отдельно открытых страниц с курловыми запросами?

$directory = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/images/gallery';

$('body').on('click', function(e) {
    var $target = $(e.target);
    if($target.hasClass('класс_окошка')){return false}
...
}

localstorage, cookie.

1) Для всех операций с файлами на сервере используйте полные(абсолютные) пути(читайте про $_SERVER[DOCUMENT_ROOT]).
2) файлы подключаемые из папок проекта через хттп подключаем от корня сервера, то есть перед путем должен быть слеш, а путь должен быть прописан полностью, /корень/папка/другаяпапка/файл. Собственно полный(абсолютный) путь будет $_SERVER[DOCUMENT_ROOT].'/корень/папка/другаяпапка/файл';

DO BEGIN
    CALL delete_expired_activation_rows_and_related_users;
    //делаем инсерт в тестовую таблицу с таймстемпом
  END|

на вскидку:
- Первое, не вижу тут никаких особых условий которые бы прям критично увеличивали время выборки при росте объема данных. Разве что количество во всех таблицах будет серьезно за пару миллионов записей. Три плоские таблицы - при наличии индексов это все должно выбираться за 0,0Х секунды.
- Второе - как то замудрено имхо все это выбирается, визуально это чесание правой пяткой левого уха. Половину запросов можно произвести отдельно и отдать в бэк для арифметических операций. Сделать в 2-3 запроса, но читаемость и гибкость кода повысится в разы. Хотя это как диагностика двигателя по заглядыванию в выхлопную трубу - ну виден нагар, ну бензином воняет, но пока движок не посмотришь только общие советы можешь дать. Не видя таблиц и что как связанно(и не имея пару часов на подумать/потыкать) только вышеизложенное могу посоветовать )

И отображается нормально. Но если пробую сделать стиль у блока
background: url('/crops/a7305823253abf7706a');

надеюсь вы понимаете, что css файлы не исполняют код пхп, если вы туда что-либо и пропишете. Данный ключ /crops/a7305823253abf7706a читает временную картинку заданного в параметрах скрипта размера, его создает скрипт, просто прописав его вы не получите результат выполнения скрипта и данный путь будет пустым. Выхода 2, оба не идеальны, но в вашем случае есть необходимость в костылях, я так понимаю используется как фон картинка из большого массива данных (типа аватарок или чего-то подобного).
- Первый вариант - подключать css через методы пхп(инклуд, реквайр или как кусок шаблона), тогда вставленный код будет работать как надо, причем весь цсс так подключать не нужно, только кусок где у вас такие хитропопые бэкграунды используются.
- Второй вариант - как написал Максим Шимко - в нужных местах шаблона заменить на инлайн стили с прописанным бэкграундом скриптом.

90% данных в спа предающихся с бэка на фронт в жсон. Запросы к бэку уходят по достаточно стандартным роутам а ля CRUD ну и + типа названия объекта: user, item, file, точнее наоборот: user/edit, image/add или что-то типа такого.
На бэке обычно тоже достаточно простые готовые методы CRUD, + специфические на всякие админки и свистохотелки. Обычно создается объект запрошенного типа, с ним производятся операции, на фронт выдается результат в жсоне. Ничего магического.

Также понимаю что эти данные можно хранить в различных моделях: сетевая иерархическая реляционная многомерная обьектная

В целом это ничего не меняет для архитектуры в комплексе - запрос с фронта - создали объект - отработали действие прописанное в запросе - отдали результат на фронт.

И еще понимаю что надо разделять права для участников и владельца.

RBAC или ACL, пока больше ничего толкового не придумали.

возможно этот кусок у вас в profile.php, и вы по циклу катаетесь редиректами. Подробности не помешают, телепаты еще не вернулись из отпусков.

На начальном этапе - просто необходим, иначе откуда будет нарабатываться запас знаний и визуальное привыкание к коду/стилю, на этапе становления и саморазвития нужно смотреть и понимать как и зачем было сделано определенное решение, на этапе роста берем чужое, смотрим(и уже видим) что оно криво написано в некоторых местах - правим, используем. Пишем много своего. Вроде все.

на глаз - если заменить [ ... ] на { ... } то вроде это чистый жсон, не?

вот вам костыль, ковыляйте....

$str = 'ваша мега строка';
$rep = array("\r\n", "\n", "\r", " ", "\t");
$str = str_replace($rep,"",$str);
$str = str_replace(",]","]",$str);
$str = str_replace(",}","}",$str);
var_dump(json_decode($str,true));

htmlbook.ru/blog/css-maket-stanovitsya-umnee-s-calc

для начала - var data = 10; и проверяйте если доходит значение. код пхп тоже не помешает, а то гадание на логах без кода не работает.
UPD: визуально в коде нет ошибок, что конкретно нарушает работу скрипта сказать сложно. Как вы получаете, кстати, вардамп, аяксом то? в ошибке парсинга нетворк консоли? Попробуйте $_REQUEST задампить, чет ниче особо больше пока не приходит в голову, кроме неочевидных багов, настроек сервера и неверных путей.