Зависит от того, в чём проблема.
Если бы проблема была в плохой синхронизации между создаваемыми потоками, ломающейся на многопроцессорных системах, то start /affinity 1 помог бы; это не ваш случай.
Если кто-то где-то получает число процессоров в системе и неправильно обрабатывает случай с числом процессоров > 1, то можно перехватить
GetSystemInfo и всегда возвращать число процессоров = 1 (поищите статьи про Detours, например, здесь на Хабре).
Если код в драйверных глубинах DirectX при обнаружении нескольких процессоров передаёт какие-то задачи отрисовки фоновому потоку, а программа тут же затирает переданные данные, вам ничего не поможет.