Вы наверняка сидите на Windows 8?
Если коротко, не так давно столкнулся с такой же проблемой, она возникает у всех пользователей с Windows 8, в связи с тем, что в IE по умолчанию включено свойство плавного скролла и оно сильно глючит если у блока есть фоновая картинка.
Вот кстати где можно подробнее про это почитать
ссылка на
microsoft
У меня возникла эта проблема месяца 4 назад, красивого решения этой проблемы не было.
Я нашёл только 2 решения:
1) Закрыть на это глаза и надеяться что для windows 8 выйдет обнова с исправлением бага
2) Проверять юзер агент браузера, и подменять стили. А в стилях переопределять свойства, заменив fixed на absolute. И при скролле с помощью js, менять top