При изменениях пишем файл в спец каталог. Подписка на событие файловой системы на изменение каталога. По изменению- nginx -t и в случае факапа отправка мэссэджа всем причастным, в случае хорошего завершения релоад энджи, именно релоад, а не рестарт.
Припоминаю, когда смотрел Phalcon, там для разных IDE есть конфиги со списками классов и функций, можно посмотреть как сделано и сделать себе такое. В Phpstorm дополнение работало.