Можно просто по крону раз в 15 минут делать не перезагрузку самого nginx, а только перечитку конфигов.
в кронтабе для
root
, с проверкой корректности конфигов:
15 0 0 0 0 nginx -t && nginx -s reload > /dev/null 2>&1
Ещё лучше сделать bash-скрипт, где в случае непрохождения теста конфигов, отправлять письмо с восклицаниями.