Smithson

Ну вы же сами всё поняли :)
В самом скрипте пути указаны не абсолютные.
Cron работает из домашней папки пользователя, от имени которого запускает скрипт.

Не mysql --skip-table-granted, а mysqld --skip-table-granted
Читайте интрукции внимательно.
Идея в том, что вы запускаете mysql без использования системы авторизации.
Обычно mysqld лежит в /usr/local/libexec

В Kali используется GNOME, иногда GNOME on Wayland.
Потерпите, ubuntu с версии 18 тоже вернется к GNOME, всё у вас будет так же без заметных усилий. Обновление они вылизывают.

Тут есть два вариант ответа.
Вариант первый - вы уверены, что вашего рандомного MAC-адреса нет в Интернете?
Вариант второй - инет-то как подключен? В эту самую карту, у которой вы мак меняете? Мелкие провайдеры часто по маку авторизацию делают.

Ключевое слово тут connect to 127.0.0.1[127.0.0.1]:10024: Connection refused
Сам постфикс-то запущен? Процесс master есть в списке ps ax ?

Вариант первый - самба. В плюсах - возможность лазить в эту папку не только с linux, но и с windows. Минусы - это всё-таки эмуляция и неродной для linux протокол.
Вариант второй - nfs. В плюсах - родной unix-протокол и даже для windows есть-таки клиенты, в минусах - протокол слегка древний и не очень стойкий на тему взлома.
Еще можно использовать webdav, но дрожащими руками не советую, там можно накосячить.

du / -sh
И далее для каждого подозрительно большого каталога du ./ -sh

mysql_error = 2002

Это

#2002 - Сервер не отвечает (либо сокет локального MySQL-сервера некорректно настроен)

Смотрите файл /etc/my.cfg что там в строчке socket.
Попробуйте перезапустить mysqld на сервере.

Ну так однозначно, что либо php нет вообще, либо апач его не видит (после установки php апач перезапускал?), либо не настроена обработка расширения php. В этом случае в конфиг апача надо добавить

AddType application/x-httpd-php .php .php5 .php4
AddType application/x-httpd-php-source .phps

и опять же перезапустить.

Начиная с MySQL 3.23.40 ошибка Aborted connection выдается только в случае, если mysqld запущен с --warnings.

Такие ошибки сигнализируют об одной из следующих ситуаций:

• Клиентская программа не выполнила mysql_close() перед выходом.
  
• Клиент бездействовал на протяжении более чем wait_timeout или interactive_timeout (see section 4.5.6.4 SHOW VARIABLES).
  
• Клиентская программа внезапно завершилась посреди передачи.

www.mysql.ru/docs/man/Communication_errors.html

В настройке апача задайте корневую директорию для вашего сайта в project.net