если подключаешься через unix domain socket, посмотри, правильно ли указал путь до него.
но судя по "Перезапускаю mysql пишет: sh: 0: getcwd() failed: No such file or directory", у тебя намного бОльшие проблемы...
начни с того, рабочий ли у тебя вообще винчестер, или копыта уже откинул.
потом если правил конфиги мускула, я в нем не особый знаток, но если там есть путь до каталога с данными, посмотри, верен ли он. и всё такое прочее.
я ставлю на то, что фс сломалась и следующий ребут для сервака последний :)