Php-webdriver - это чтобы управлять Selenium server'ом.
То есть помимо PHP-webdriver, вам надо поставить ещё Selenium server. И поставить браузер(ы), которыми Selenium будет управлять.
Кто-то должен запускать Selenium Server - и обычно это не ваш PHP-скрипт.
Selenium Server требует Java.
Selenium Server может ставиться на тот же самый хост, можно на другой - Selenium работает по сети.
При этом, если у вас Ubuntu Server без Desktop, то Selenium Server не сможет запускать там браузеры (потому что нету UI).
Альтернативно, можно и без Selenium Server - например управлять Chrome Headless. Тогда можно и без UI, то есть чисто на Ubuntu Server, без Desktop.
По опыту Chrome Headless работает немного надёжнее, чем Selenium Server.
Сайты по которым я буду ходить требуют javascript, для него что-то нужно ставить на ubuntu?
Ничего не нужно, потому что javascript исполняется в браузере.