Смотрите, в Symfony2 есть такая вещь как Dependency Injection . В чем смысл? В том, что все сервисы которые Вам нужны, вы настраиваете в конфиг файлах, конфиг файлы парсяться Symfony, а вкоде вы пользуетесь котовыми сервисами. Теперь смотрим на Ваш код:
jms_serializer:
....
вы настариваете сериалайзер, который попадет в DI
use JMS\Serializer\SerializerBuilder;
$serializer = SerializerBuilder::create()->build();
$ser_user = $serializer->serialize($user, 'json');
А здесь вы создаете НОВЫЙ инстанс сериалзиатора, и юзаете его. Этот SerializerBuilder это фабрика, он возвращает НОВЫЙ сериализатор. Он ничего не знает о ваших конфигах.
Найдите, как в ваш код внедрить уже настроенный serializer. (если Ваш код контроллер $serializer = $this->get('jms_serializer'))
