Антон Шаманов

1. Изучить https://www.php.net/manual/ru/book.dom.php
2. Найти контекст всех тегов на странице и если тег не является ссылкой, то заменить в нем ключевые слова на ссылки

поле должно называться filedetect[]

нет конечно, по соображениям безопасности расширения не могут менять настройки браузера напрямую. можно наверное извратиться и через CreateObject("WScript.Shell") на винде попробовать, но не факт что будет работать

По сути $APPLICATION->IncludeAdminFile имеет ту же область видимости что и функция в которой его вызываю, но в самом файле переменную не видит.

я не очень в битриксе шарю, но если переменная доступна только в функции (и это не анонимка с use), то переменная не доступа в том же файле. для того чтобы она была доступна и в файле и в функции нужно передать её либо как аргумент в функцию либо сделать глобальной