По сути $APPLICATION->IncludeAdminFile имеет ту же область видимости что и функция в которой его вызываю, но в самом файле переменную не видит.
я не очень в битриксе шарю, но если переменная доступна только в функции (и это не анонимка с use), то переменная не доступа в том же файле. для того чтобы она была доступна и в файле и в функции нужно передать её либо как аргумент в функцию либо сделать глобальной