Сергей Ковалёв

Рекомендации стандартные: поставить все обновления, обновить все драйвера, удалить лишнее ПО.

В Вашем случае, почти наверняка, это подключенные "софтовые" принтеры аля hp 1ххх/2ххх серии. Младшие кэноны и бразеры тоже грешат. Да чего уж. Почти все SOHO принтеры (не МФУ) грешат надопиленными под энтерпрайз дровами. Отсюда утечки памяти. Как только памяти перестает хватать начинается использование свопа и падение производительности.

Если такие принтеры есть, то под них лучше использовать отдельную виртуальную машину, которую можно регулярно перезагружать без ущерба процессу.

У Вас неправильные приложения.

Выключаете виртуалку, заходите в её свойства.
Для диска фиксированного размера:
Выбираете диск, нажимаете "Изменить/Правка", дальше выбираете процедуру "Конвертировать", выбираете формат, затем тип "Динамически расширяемый", указываете новое имя файла диска, подтверждаете и запускаете процедуру.
Все данные переносятся в новый диск, который внутри виртуалки виден по полному размеру, а на хосте занимает те же 25 гигов.
Для динамически расширяемого диска:
Выбираете диск, нажимаете "Изменить/Правка", дальше выбираете процедуру "Сжать", запускаете, процесс, ждете. Получаете свои минимальные гигабайты.

Поговаривают, что если внутри виртуалки сначала пройти с помощью утилиты Sysinternals sdelete, то сжать можно будет сильнее, но тестами я это подтвердить не смог.

Если честно, сама постановка вопроса говорит о том, что логическая структура прав доступа в организации в чем то не верна, поскольку локальный администратор - это локальный бог и господин. Права отрезать можете, но он их ровно так же может себе вернуть или пойти обходными путями.

Запрещать на уровне учетной записи доступ из сети глупо - он может создать новую учетную запись в системе.
Запрещать группе администраторов заходить через терминальные службы еще глупее.

бОльшая часть служб может запускаться с правами простого пользователя.
Некоторые привередливые службы вполне работают под пользователями, но будучи запущенными из таскшедулера с установленной галкой выполнения с наивысшими привилегиями.

Правила гигиены запрещают использовать локальных администраторов для запуска чего то нибыло. К этой учетке нельзя привязываться от слова "совсем".

Никак не запретить.
Отслеживайте разницу между включенным ПК, доступностью Lync сервера и присутствием в SkypeFB. Если ПК включен, но SFB не запущен, перезапускайте его от имени пользователя раз в минуту

Как вариант, можно попытаться подождать Windows Server 2016

https://habrahabr.ru/company/microsoft/blog/277471/

Вам нужен Microsoft Windows Server Essentials

Когда КД виртуализован:

- В настройках виртуальной машины должено быть указано, что бы виртуальная машина всегда стартовала.

- Должна быть отключена синхронизация времени (хост не должен задавать время на виртуальной машине с ролью контроллера домена)

- Контроллер домена должен синхронизироваться с внешним NTP сервером. В виртуальной среде поправки таймера на физику сервера не действуют.

Аудит изменений на файловых серверах стандартными средствами это боль. Непрекращающаяся.

Одно время нахваливали Netwrix Auditor for File Servers как с ним сейчас, не ведаю.

Вы не правильно бэкапите сервера баз данных =)
Лечите укусы в ситуации, когда нужно избавляться от клопов.

Мигрировать можно и через Disk2VHD. Лицензионная политика не нарушится если вы поднимите Windows Server 2008 R2/2012 R2 Hyper-V и развернете там виртуальные машины при этом удалив их "физические воплощения".
Если понятным языком - Лицензия позволяет вам два сервака определенных редакций, в чем они будут (в физике или виртуалкой) значения не имеет.
ОЕМ лицензию виртуализировать нельзя.

Я скрепя сердце опускаю рассуждения о том, откуда растут руки у человека, который обслуживает сервер с таким именем.

При подключении сетевого диска по IP проблема повторяется?
Что пишется в Event Viewer на клиентских ПК?
На сервере в том же Event Viewer нет ли событий с пропаданием сети периодическим на сетевых интерфейсах?

Вы зайдите на проблемный ПК и посмотрите, что в событиях Event Viewer регистрируется. Я думаю ответ там.

Если честно, не вижу смысла в перемещении AppData каждого пользователя на SSD, вы не получите желаемого прироста скорости.
Куда полезнее разместить там:
- файл подкачки;
- %temp% пользователей и системы;
- папки кэша браузеров пользователей;
- Сделать хардлинк от C:\Windows\System32\wbem;

Если на терминальнике печатают из CAD-программ, то можно и каталог подготовки raw для печати туда же вынести.

Если есть еще, что то специфичное для вашей организации, то это можно вычислить через Монитор ресурсов \ Диск \ Работа диска

А сейчас вы копаете не в ту сторону.

Не слушайте всех остальных :)
Все сервера в организации должны быть виртуальными, кроме хостов виртуализации!
Страшилки вам расскажут, те кто не использует это полноценно в продакшене. Особенно в части того, что хост и другие виртуалки стартуют раньше КД.

Как должно быть:
0. В настройках виртуалок с КД включите принудительное включение после старта хоста.
1. Отключите настройку синхронизации времени от хоста к виртуальной машине с КД в свойствах виртуальной машины.
1а. Настройте синхронизацию КД с таймсервером.
2. КД должно быть минимум два.
3. КД должны располагаться на двух разных хостах и хранилищах.
4. Резервное копирование КД должно происходить одновременно с серверами с Sharepoint и Exchange.
5. При восстановлении из резервной копии одного из КД важно учитывать состояние и приоритет репликации (начиная с Win2012 и с современными бэкапилками типа Veeam B&R не так актуально)
6. Пароль администратора КД (а заодно и всего домена) вещь сокровенная и кроме как для входа на КД в случае сбоев использоваться более нигде не должен.