Смею предположить что Вы под виндой запускаете, а у неё терминал автоматически закрывается когда всё выполнено. Инпут в конце добавьте, чтобы после выполнения терминал ждал.
А чем Вас гит не устраивает? Я бы вообще поставил туда гитлаб и виртуалка была бы "продакшеном", у студентов локальная копия репозитория и свои ветки. Отправляют мёрдж реквесты, преподавателю удобно делать код ревью. Всё в плюсе)
Самый простой вариант для Вас будет заново запустить инсталлер Python и там не забыть выбрать пункт "Add python to PATH". Он по умолчанию в виндовом установщике выключен.