Интересно, какой ответ вы хотите здесь получить?
1. Для конкретного ответа, требуется диагностика.
2. Общие рекомендации по оптимизации легко найти на просторах интернет.
Modx. Чистота кода зависит только от вас, никаких служебных классов и ID. Компонентов немного, но они очень универсальны. modx.pro обязательно посетите, там хороший репозиторий есть.
Поставьте цель, разбейте на задачи и Google в помощь. Так и выучите. ИМХО, это самый правильный вариант. Избавитесь от воды и будете решать задачу, которая интересует на данный момент.
А что их изучать? Там и так всё понятно. Поставьте задачу и попробуйте подобрать под неё CMS с дополнениями. Посмотрите шаблонизаторы. Если нет желания изучать программирование, посмотрите в сторону MODX, это нечто среднее между сырым php-фреймворком и CMS.