Нормально там все с безопасностью. Проверьте в каком режиме работает Apache2, если вы его используете. Если mpm-itk, то все в порядке, если prefork, то переключайте www-домены на PHP FastCGI
Начните с оптимизации MySQL. Например с помощью mysqltuner. А еще проще, поставьте Битрикс бизнес, там есть монитор производительности. Можете следовать его подсказкам.
В конфиги лезть не надо, все параметры доступны из ISPmanager.
На заказ.
Тиражные темы, особенно платные всегда будут жирными и неповоротливыми. Иначе не продашь, надо всем угодить.
Можно посмотреть Master2 от YooTheme. Бесплатная на uikit.