Sanes

Окружение настройте по-человечески, чтобы прав хватало.

В вашем случае нет смысла дублировать. Просто распределите файлы по двум VDS.
А еще лучше используйте сервисы хранения файлов.

https://cockpit-project.org/

Чем Ext4 не устраивает? Как минимум для Total Comander я видел плагин для работы с разделами Ext4.

ISPsystem. Там всё есть. Это оптимальный вариант.

Учите параллельно Ansible. В будущем поможет сэкономить время. В вашем случае это хорошая альтернатива копии диска.

После копирования через dd обычно необходимо обновить initramfs.
Если появилась консоль dracut:/$_ то обновляем данные.
dracut --regenerate-all -f
Это для RHEL-подобных. Для других немного иначе.

Поставь Ubuntu. Не мучайся.

Проще пересоздать базу. Иначе каждую таблицу удалять/очищать отдельно.

Может потому что вы за NAT провайдера?

Возможно потребуется еще один IP адрес. Не каждый регистратор позволяет указать NS серверы на одном IP.

Скачать все диски и указать их в качестве репозитория.

Решил создать загрузочную флешку на kali linux... Для этого мне нужна прога unetbootin.

Для этого тебе надо освоить программу dd