Андрей, честно говоря, не пробовал, можно ли на github передвинуть указатель ветки позади этого коммита, если есть незакрытые пулл реквесты. Но удалять такие ветки нельзя, судя по документации Github: "You cannot delete branches that are associated with open pull requests."
Web Jovy, только первую команду используйте, остальные не надо. Вы перетираете данные юзера на непонять что.
И ещё проверьте, существует ли вообще юзер root, его может и не быть.
jocker2d, ни на файл, ли на какую-нибудь папку, где могут лежать симлинки на файлы конфигов? (в дебиан и его форках это sites-available, в других дистро может быть иначе реализовано)