на доктрину такая структура должна нормально ложиться, и не очень понятно почему написания запросов возрастает на порядок. ваш самопис на первый взгляд выглядит не удобней кверибилдера доктриновского. Могу предположить вы что-то делали не так с доктриной
Евгений Иванов, как уже написали, так делают что бы исключить возможность SQL инъекций первая ссылка в гугле вполне понятные примеры приводит.
И так же было дельно замечено что стоит перейти на PDO
это сделает ваш код более стильным модным молодежным, он будет работать на новых версиях пхп и главное будет менее дырявым в плане безопасности.
это не совсем верное решение, даже скорее совсем не верное.
1) комментировать куски ядра цмски - идея так себе.
2) вы сломали метод watermark - и теперь он ничего не делает.