SOb_S

Мне понравилось это решение: https://github.com/creocoder/yii2-nested-set-behavior Реализована модификация веток, вставка, удаление, смена корней, множественные корни и т.д..

Если на стороне сервера есть возможность поставить lessc (npm), и не предполагается использовать автопрефиксеры или что-то подобное, то дайте Yii2 компилировать less самому, пропишите его в asset c расширением less, при первом же обращении он будет скомпилирован в css (тут нужны права на папку, куда сервер его будет писать).

Рутовая общая по идее не нужна, если разрешить multi root. И тогда дать каждому пользователю свой рут выглядит логичным решением (можно даже сделать root attribute = user_id).