У вас PNG с индексированными цветами (палитрой). Поэтому функция imagecolorat возвращает не значение цвета, а его индекс в палитре. Первой точкой с ненулевым индексом является непрозрачная точка по координатам (0, 5).
Если взять, например, точку (0, 0), у которой индекс равен 0, то получим [red: 0, green: 0, blue: 0, alpha: 127]. Такое значение alpha соответствует полной прозрачности точки.