Так просто этого не сделать, особенно, если есть связи по первичному ключу с auto_increment.
Для начала, надо остановить работу с базой. Потом всем таким связям настроить foreign index с включением on update cascade. Затем нужно перенести записи, созданные после разделения баз, на значения первичного ключа, бо́льшие, чем максимальное в бэкапе. После этого можно сделать импорт бэкапа, заменив insert на insert ignore. Не забыть поправить генерацию auto_increment, выполнив соответствующие alter table.