Rsa97

Смотреть надо, что этот скрипт делает. Возможно, что он блокирует таблицы, а остальные скрипты не могут дождаться их освобождения.

До востребования

IMHO, правильный вариант - менеждер вносит запись на сайт, с сайта периодически выгружается xls, если он ещё нужен.

Куча REPLACE() в одним запросе или куча запросов с REPLACE() в каждом.
Только наверняка будут ошибки, поскольку транслитерация обычно неоднозначная. Могут потеряться мягкие и твёрдые знаки, перепутаться парные гласные (э-е, о-ё, ...). Да, собственно, первая же строка в вашем примере - откуда взять информацию про мягкий знак на конце слова?

GROUP_CONCAT()

Рекуррентной формы здесь не требуется, простейший цикл от и до с заданным шагом.

INSERT не может быть подзапросом

Для 5.5

$arr = array_reduce($arr, function($acc, $item) { return array_merge($acc, $item); }, []);