Во-первых, если это веб-приложение (скажем, онлайн видео-редактор), то нет смысла индексировать ничего, кроме лендинга на его главной страницы.
Во-вторых, с чего вы взяли, что современные поисковые боты работают только с HTTP и HTML и не умеют выполнять JS?
Особенно бот от Гугла, который вообще-то разработал свой браузер, едва ли не лучший в мире, и "движок" V8, это вас тоже не смущает?
Проведите эксперимент, сделайте простейшую страницу с AJAX, добавьте ссылку в поисковики и посмотрите, сравните с версией без JS.
В-третьих, если браузер не поддерживает JS, то можно отдавать клиенту версию без JS.