В любой непонятной ситуации первым делом смотри логи.
У тебя дохрена потоков апача в состоянии running, четверь из них в D-state. К ним у тебя база данных. Всё это на двух ядрах и двух гигах оперативы. При этом своп уже забит под завязку, а оперативы свободного 300 метров под страничный кэш.
Если ssh отвечает, то стопорни апач и посмотри логи запросов, кто-то наверняка или брутит или DDoS-ит, или владелец сайта проворонил очередную дыру в движке сайта и вовремя не обновил его. Сайт так и так висит в вечном "Ожидание ответа от сервера", так что много не потеряешь, а ресурсы на разбор проблем освободятся.