1000000 / (60*60*24) = 11.5 запроса в секунду. Вам уже не хватает скорости или Вы на будущее? Если на будущее - зря, преждевременная оптимизация почти всегда плохо. Проблемы нужно решать по мере поступления. Андрей Мохов посоветовал перевести на InnoDB - по моему зря, если у Вас нет запросов на вставку и обновления и Вам не нужны транзакции, то лучше оставить MyISAM - он быстрее, но менее надежен, так что где-то должен всегда лежать свежий бэкап.
Хорошо это как? Пользовались ли вы каким-нибудь фреймворком? Сможете объяснить что такое ООП, MVC, зачем это нужно и свалять небольшой фреймворк на скорую руку? Если да, то наверное стоит попробовать походить на собеседования. Это я про веб.
Зависит от того каким Вы программистом хотите быть. Если одним из тех из-за которых так не любят php, то да - вперед, если же нет, то советую разобраться в деталях работы фреймворка, попробовать реализовать такую же структуру, но своими силами (естественно в целях самообразования)
Насколько много данных пытаетесь записать? PhpExcel ну очень прожорливая штука, возможно стоит писать по частям, так же нужно проверить код на предмет того, что сказал shaks
По поводу книжки - ничего не скажу, укажу на официальную документацию только. А вот насчет того что сделать - сделайте велосипедный MVC фреймворк, а на нем какой-нибудь интернет магазин, разберитесь с тем как это работает, затем выберите любой современный php-фреймворк, выкиньте свой велосипед и начинайте разбираться со внутренностями нормального фреймворка. Многие советуют начинать сразу с каких-то готовых фреймворков, но как по мне это плохая идея, потому что мало смысла использовать инструмент, не зная как он работает.
Это вроде не баг, а фича. В меню проекта при клике на определенном файле правой кнопкой мыши можно выбрать пункт Mark as Plain text - возможно Вы это сделали случайно, либо кто-то до Вас сделал это в проекте, нужно выбрать Mark as PHP, чтобы вернулась подсветка.