Может я не совсем понял вопрос, но что мешает прописать все пути жестко?
UPD:
Ну как-то так: "%~dp0" - это путь, откуда запущен cmd-файл. Первыми двумя командами устанавливаем текущую папку - куда будут файлы формироваться, а далее меняем "%~dp0" на его постоянное значение.
@D:
@CD "D:\projs\current_proj\server"
@IF EXIST "D:\projs\current_proj\node_modules\.bin\node.exe" (
"D:\projs\current_proj\node_modules\.bin\node.exe" "D:\projs\current_proj\node_modules\sails\bin\sails.js" %*
) ELSE (
@SETLOCAL
@SET PATHEXT=%PATHEXT:;.JS;=;%
node "D:\projs\current_proj\node_modules\sails\bin\sails.js" %*
)
@CD "D:\projs\current_proj\node_modules\.bin"