Ocelot

Похоже, вы в trLight() запихнули всю последовательность переключений, только заменив delay() на опрос таймеров. А должна быть логика немного другая: trLight() вызывается каждую (условно) миллисекунду, она должна один раз считать millis(), понять, какая сейчас фаза светофорного цикла, и в зависимости от этого погасить или зажечь нужные светодиоды. Сделайте функцию, у которой на входе текущее время, а на выходе — три бита состояния светодиодов.

И в debounce() осталась delay(), её тоже хорошо бы на таймерах сделать

Если упрощенно, цифровой порт - это два ключа: один ("верхний") замыкает пин на 5V, второй ("нижний") - на землю. Если открыт верхний ключ, на порт выводится 1, если нижний, то 0. Закрыты оба ключа - порт работает как вход, т.н. Z-состояние.

Что будет если замкнуть два цифровых порта на друг-друге?

Если на один порт вывести 1, а на второй 0, будет короткое замыкание через верхний ключ первого порта и нижний ключ второго.

Возможны ли исключения?

Да, если вы гарантируете, что состояния портов всегда будут одинаковыми (00 или 11), ничего не сгорит.

А если только один на выход с высоким сигналом, а второй на вход?

Всё ок, вход прочитает единицу, ничего не сгорит.

А если оба на выход высокого сигнала?

Как уже было сказано, кз не будет. Но переключать оба порта нужно строго одновременно, за один такт.

А если оба на вход?

Не сгорит, но если больше ничего к этим портам не подключено, вход будет читать всякий случайный мусор.

Можно ли соединять пин 5V и читающий цифровой пин?
Можно ли соединять землю и читающий цифровой пин?

В обоих случаях можно. Но если случайно переключить пин на выход, будет кз. Поэтому замыкать входы на питание и на землю лучше не напрямую, а через резистор.

Можно ли соединять пин земли и 5V?

Будет короткое замыкание источника 5V. Ну хотя бы контроллер от этого не сгорит =)

Вам нужно искать микросхемы 'Dot-matrix LCD driver'. Но что-то я сомневаюсь, что получится впихнуться в 15x15 мм без BGA. Один только корпус QFN100 столько занимает, а нужна еще обвязка и место для разводки проводников.

Продолжаем ликбез =)
Скорее всего, вы будете использовать аппаратный USART. Значит, ноги DI и RO нужно подключить к TX и RX соответственно. На картинке у вас они перепутаны - исправьте. Ноги DE/RE отвечают за выбор направления потока, 1=передача, 0=приём. Поскольку в атмеге у USART нет аппаратного контроля потока, то этой ногой придётся дёргать программно. Смело вешайте DE/RE на любой свободный выход, куда удобнее. В момент начала передачи нужно будет поднять этот выход в 1, а после окончания передачи (по прерыванию USART Tx Complete) - сбросить в 0

VCC - на +5В
GND - соответственно, на землю
OUTPUT - на любой вход Arduino, и через резистор 10к подтянуть к 5В
Такой тип выхода называется "открытый коллектор". Когда датчик срабатывает, в нём открывается транзистор и замыкает выход на землю, на ноге контроллера будет лог.0. Всё остальное время через подтяжку поступает напряжение питания, и будет лог.1.

for (i = 0; i < 32; i = i + 1)
{
b[i] = Serial.read();
}
Direction_of_Motor[0]=b[8];
Direction_of_Motor[1]=b[11];
Direction_of_Motor[2]=b[14];
Movement_of_Motor[0]=b[9]*256;
Movement_of_Motor[1]=b[12]*256;
Movement_of_Motor[2]=b[15]*256;
Movement_of_Motor[0]=Movement_of_Motor[0]+b[10];
Movement_of_Motor[1]=Movement_of_Motor[1]+b[13];
Movement_of_Motor[2]=Movement_of_Motor[2]+b[16];
period=b[30]*256;
period=period+b[31];

Принимает 32 байта, нумерация с 0 по 31.
Байт 8 - направление оси X ('+' или '-'). Байты 9 (старшая часть) и 10 (младшая часть) - перемещение по оси X.
Байты 11, 12, 13 - то же для оси Y.
Байты 14, 15, 16 - то же для оси Z.
Байты 30 (старшая часть) и 31 (младшая часть) - период между шагами. Единица периода == 20 мкс, вроде так.

>какие датчики посоветуете для измерения давления воды?
Такие: www.bdsensors.ru/products/sensors.php
Подберите на нужный вам диапазон давления, и с мембраной из нержавейки (морское исполнение).

>Способ крепления к корпусу?
Через втулку с уплотнительными кольцами. Понадобится немного токарных работ.

>Из чего сделать водонепронецаемый корпус?
Самое простое - отрезок прозрачной поликарбонатной трубы с заглушками на торцах. В одной заглушке датчик, в другой - контакты для зарядки и подключения к компу (под завинчивающейся крышкой).

>Или может не ардуино вовсе?
Для прототипа - можно и ардуино (микро или нано). Если хотите компактное устройство, то лучше развести плату, на которой будет сразу всё: МК, дисплей, усилитель для датчика, контроллер батареи.

https://geektimes.ru/post/255342/