Если речь о настоящей оплате через pay с карты на телефоне то для начала надо купить и подключить онлайн кассу которая умеет делать оплату по qr коду. само собой надо неким образом регистрироваться в налоговой, например как ИП или самозанятой.
Дальше уже смотреть по документации онлайн кассы, какой там есть функционал при оплате.
Либо изобретать суррогат некий, на телефон ставить своё приложение которое будет читать коды и предлагать сделать встроенную покупку на некую сумму, при успешной покупке слать на твой сервер данные об оплате и сервер уже делает что ты хочешь.
Нельзя платить с карты через Pay на телефоне не поделившись с налоговой.