Привет. Есть аналогичный
вопрос и ответ.
Скрипт нужно будет скопировать в каталог (например): D:\Program Files (x86)\GIMP-2.0\share\gimp\2.0\scripts, перезапустить GIMP, после этого в меню «файл» появится новый пункт «Save all layers». Диалоговое окно без пути, но это уже мелочи. Копи-паст в помощь.