Вложенность никак не влияет на индексацию. Если страница упорно не индексируется, то по какой-то другой причине, такое может случаться со страницами любой вложенности.
Вложенность сильно влияет исключительно на позиции в поисковой выдаче. Чем глубже находится урл, тем сильней он проигрывает в "весе".

Могу рассказать на своем опыте.
Сайту десять лет, ТИЦ 240, в поиске Яндекса 15 тыс. страниц. В 2016 году в течении года поставил 6 ссылок с Ротапоста на онлайн-казино. В феврале этого года получил за них фильтр от Яндекса - обнулили тиц и выкинули все страницы из индекса. Вылазил потом полгода из-под фильтра, тиц вернули только до 170, но рассчитываю что со временем вернется на прежний рубеж. Количество страниц в индексе вернулось полностью.
Вот такая история.

Справа в "Атрибуты страницы" выберите "Шаблон" -- "Базовый шаблон". И пересохранитесь