Все зависит от того, что это за ссылки. Если это ссылки, например, меню навигации и т.д, - то лучше чтобы были относительные ссылки.
А вот если это внутренние ссылки, находящиеся в контенте, то у ссылок с доменом есть свой плюс. Если кто-то будет парсить твой сайт и воровать контент, то доменные ссылки перенесутся и станут внешними, добавят тебе ссылочной массы.
Ну и при использовании абсолютных ссылок ты должен быть на сто процентов уверен, что никогда не будешь менять домен. Иначе потом замучаешься поправлять битые ссылки.