Гугл понижает позиции, если на сайте удалено много страниц, но в самой выдаче они они еще остались. То есть он наказывает, когда страницы удаляют но не предупреждают Гугл об этом.
Если удаленные урлы вносить в гугловских Инструментах Вебмастера в "Удалить URL-адреса", то никаких понижений позиций не будет.