Накидал небольшой фикс. Дело в пустых ,,, было
<?php
$s = '[[["привет","hello","privet",""]],[["существительное",["приветствие","приветственный возглас","возглас удивления"]],["глагол",["здороваться","звать","окликать"]],["междометие",["привет","здравствуйте","алло"]]],"en",,[["привет",[5],1,,859,0,1,0]],[["hello",4,,,""],["hello",5,[["привет",859,1,],["Привете",0,1,],["Приветом",0,1,],["Привету",0,1,],["Привета",0,1,]],[[0,5]],"hello"]],,,,16]';
$s = preg_replace('`,{2,}`', ',', $s);
$s = str_replace(',]', ']', $s);
print_r(json_decode($s));