Коллега, для начала зайдите во вкладку Performance и запустите монитор (внизу страницы).
Потом откройте вкладку Диск и посмотрите что больше всего создает очередь. Очередь диска в нормально работающей системе должна быть всегда меньше 1 (0.001, например)
Думаю, вы там увидите, какой процесс "кушает" ресурсы диска. Если увидеть не получится, то качайте тулзы Руссиновича и проводите более подробный анализ.
https://download.sysinternals.com/files/PSTools.zip