DWZ, перечитал ваш исходный вопрос - если у вас уже raw bitstream обоих исходных потоков, а не потоки в контейнерах, то первый шаг вообще может оказаться и не нужен. Потому что он обычно нужен, чтобы наложить таймкод, который не накладывается, если на входе - не raw bitstream.
и все такое.
По поводу variable frame rate - не отметить это было бы глупо с моей стороны, потому что я, естественно, не имею понятия, с какой целью вы все это делаете, может быть у вас (как это чаще всего бывает) битый поток, который нужно отремонтировать (что, естественно, делается не так).
DWZ, Firefox, например - opensource. Если вы в состоянии понять то, о чём спрашиваете, на том уровне, на каком спрашиваете, проблемы с чтением исходников быть не должно
Запускаем process explorer от имени администратора, пристально изучаем график загрузки процессора, когда все особенно тормозит, выявляем виновника. Один из кандидатов - Skype, который теперь написан на JavaScript. Но всё равно, нужно смотреть.
Никогда не пользовался этой хренью, но подозреваю, что это надстройка над Windows Firewall. Попробуйте временно отключить последний и посмотреть, что будет.
