Про книги на русском языке слышал только про Эдриен Моуэт: Использование Docker, но не читал. Годная статья, которая в свое время помогла мне прояснить пару моментов https://habrahabr.ru/post/310460/
Читайте статьи, обращайте внимание в статьях о какой версии Docker идет речь, так как можно встретить много устаревшего материала из-за того, что Docker стремительно развивается.
В официальной документации все описано, только она и поможет, если возникнет какой-то вопрос.
Про puppet ничего сказать не смогу, не использовал, но это штука известная и кучу раз описана.

Griphite это система для сбора и анализа метрик включающая в себя демон сбора метрик carbon и бд для хранения whisper. Сам по себе не используется, обычно его подключают к grafana для построения дашбордов и графиков, так как в последней построение графиков гораздо лучше. Подходит для сбора и анализа большого количества метрик с высокой частотой. Grafana недавно научилась генерировать оповещения по метрикам, но все еще это не заменяет систему мониторинга. Посмотрите в сторону мониторинга Prometheus
Elastic stack - имеете ввиду ELK ? ELK для сбора и анализа логов. Например zabbix очень плохо работает с логами, а ELK позволяет их парсить, устраивать поиск по логам и анализировать.

Авторегистрация работает только если у вас zabbix-agent работают в активном режиме, то есть, в конфиге агента указано ServerActive=zabbix_server. В этом случае агенты будут постоянно слать запросы проверок на сервер даже если на сервере используется только пассивные проверки. Это может быть удобным, когда у вас, скажем, в частном облаке автоматически разворачиваются серверы и вам сразу же необходимо их мониторить. В других случаях используются системы управления конфигурациями, которые по api создают хост в zabbix.
А сетевое обнаружение инициируется сервером. Таким образом он может обнаруживать не только агенты, но и прочее оборудование. Полезно, опять же, когда у вас есть необходимость находить оборудование, о котором вы не знаете.
В моей организации использовали сетевое обнаружение, потому что отдел мониторинга работал в отрыве от отделов сетевого и системного администрирования. В процессе мы изменили орг структуру и подход к мониторингу и необходимость в сетевом обнаружении отпала.