Как я понимаю — вы не используете классы и объекты?
В любом случае, существует чудесный принцип единой ответственности, когда функция (в вашем случае модуль) должна делать только одну вещь и делать ее хорошо. Сейчас у вас огромное количество логики будет зашито в один файл. Так не стоит делать. Разбивайте все на отдельные небольшие сущности, повторяющийся код выносите на уровень вверх, тогда хоть какой-то порядок сохранится. Но гораздо лучше, если вы познакомитесь с ООП и MVC. Таких вопросов у вас больше не будет.