MaLuTkA_UA

Простой, лёгкий

Не Laravel, не Yii

Workerman

У тебя не должно быть несколько отдельных массивов. В худшем случае должен быть массив с вложенными массивами. В остальном ни малейших проблем

$all = array('one' =>(
 [0] => value,
 [1] => value1,
 [2] => value2,
),
'two' => (
[0] => value3,
[1] => value4,
[2] => value5,
).
'three' => (
[0] => value5,
[1] => value7,
[2] => value8,
),
'four' => (
[0] => value9,
[1] => value10,
[2] => value11,
));
$sql = 'INSERT INTO myarr ( one, two, three, four)'
                . 'VALUES (?, ?, ?, ?)';
//Нашёл  что  в  pdo массив  можно записать через цикл  foreach и транзакцию.
$stmt = $db->prepare($sql);
$db->beginTransaction(); 
foreach ($all as $i =>$one){
    $stmt->execute([$one, $all['two'][$i],$all['three'][$i],$all['four'][$i]]);
}
$db->commit();

Это при твоей кривой организации массивов
с нормальным массивом будет

foreach ($all as $row){
    $stmt->execute($row);
}

После первого цикла с сылкой внутренний указатель ссылки остается именно на элементе $arr[3] !
При повторном foreach проблема именно с $arr[3], она на первой итерации ссылается получает значение первого элемента массива, если в этом месте сделать выход из цикла, то массив будет вида (2, 4, 6, 2), на аторой итераци, примет значение второго элемента (2, 4, 6, 4), на третьей итерации - значение третьего элемента (2, 4, 6, 6), и на последней она примет значения самойсебы, что с предидущей итерации мы видим у четвертого элемента значение 6, значит (2, 4, 6, 6)

Т.е. в последней ячейке массива лежит ссыль на $value, которая при каждой итерации принемает значение текущего элемента массива, ну и в конце ссылается на саму себя, доставая результат, который был записан на предидущей итерации...

Сделать fork и переписать под namespace`ы.