Виктор: когда он собирается отдавать файл с диска (т.е. в текущем location нет никаких proxy_pass/fastcgi_pass и т.п.) и по текущему пути нашлась папка
Неправильно понимаете. При наличии proxy_pass nginx спроксирует всё.
Конкретно /content/index.php не проксируется потому что обрабатывается в другом location.
То, что у вас написано на самом деле эквивалентно такому конфигу:
Т.е. для всего что начинается на /content/ и заканчивается на .php возвращать 404.
Всё остальное всегда проксировать. Директива index тут просто не работает, поскольку нет никаких поисков файла на диске.