web_dev: обычно в /etc/nginx/nginx.conf правятся только какие-то глобальные настройки (воркеты, сетевые настройки и т.п. примерно то, что там уже написано). Все конкретные сервера кладутся в /etc/nginx/sites-available и на них делаются ссылки из sites-enabled (как это сделано с default). Смысл в том, что для отключения сервера достаточно удалить ссылку из sites-enabled и при этом конфиг не потеряется.