Я использую штатную утилиту очистка диска.
Так же можно руками почистить папки C:\WINDOWS\Temp (полностью) C:\Users\username\AppData вручную от удалённых программ.
Препод в специалисте говорил, что чистить и дефрагментировать реестр не нужно. Реестр маленький и весь помещается в оперативной памяти. Бывают конечно случаи, когда реестр сильно засирается, но это не нормальное использование системы. Разумнее просто переуставливать систему, когда совсем всё плохо.