Ничего не будет с ноутом, т.к. это всего лишь разные варианты передачи управления от БИОС загрузчику ОС.
После того как ОС загрузилась все будет работать как обычно. На производительности никак не скажется.
Но как правильно выше заметил
athacker это справедливо если у вас диски емкостью <2Tb и вы не делаете на них 100500 разделов, т.е. для обычного домашнего компа разницы нет.
Хотя на сегодняшний день практически везде в компах есть UEFI, а значит должна работать загрузка с GPT.