АртемЪ

Одного каталога? Простой скрипт на повершелл, или банальный батник запускающий архиватор с нужными ключами.
Утилиты архивации вроде zpaq.

Cтавить какой-то специальный софт ради такой задачи - это как из винтовки комаров отстреливать.

все последующие параметры (их может быть > 10) это то, что нужно архивировать.

А не проще ли их запихать в listfiles? Чтобы был один параметр, а не десять и не тысяча.

Большинство софта не умеет читать информацию из архивов, поэтому при попытке открыть файл из архива или запустить программу он извлекается из архива в папку Temp находящуюся в профиле пользователя, и уже оттуда используется. После чего удаляется, или не удаляется, как повезет.

Поэтому да - в большинстве случаев появляется. Но тут еще много зависит от того каким образом вы работаете с архивом.

Разумеется.
7z прекрасно управляется из командной строки.
Пишите строку запуска и помещаете ее в планировщик заданий или в cron - смотря какая у вас ось.

Разумеется.
Непонятно по какой причине вы в этом сомневаетесь.
RAID с точки зрения ОС ни что иное как обычный диск.

1. NAS или Сервер?

При таком бюджете на NAS точно не хватит, поэтому выбор очевиден.

2. если сервер, как по вам, подойдёт ли такой сервер или вы бы собрали что то иное?

Вполне, нормально, если скорость не критична, если хочется пошустрее можно посмотреть в сторону целеронов.
Удивляет только мощность блока питания в вашей конфигурации, вы что еще и видеокарту топовую туда собрались ставить? Зачем там БП на 600ватт? Оптимально 100-150ватт.

3. если NAS, какой посоветуйте для моих нужд, без всякой там чепухи типа DNLA

Нет таких, чтобы с дисками в 30тыс влезли.

4. чем лучше объединять HDD в единый радел: RAID0, LVM, mhddfs и почему?

Зависит от того, что вы хотите в итоге получить. Думаю в вашем случае LVM оптимально.
Если данные не нужны, и вы не боитесь их потерять можно и Raid0 использовать.

5. что вы думаете на счёт облака, посоветуйте недорогие варианты с настройкой под linux из консоли

А что нужно думать насчет облака? И что нужно там настраивать из консоли?

6. может есть другая идея как всё это организовать?

Можно сделать шары на рабочих станциях и забирать файлы в архив, по сети скриптом.

Пишите батник примерно такого содержания:

FOR   %%i IN ("C:\Arhives\*.rar") DO  WinRAR a -ep  %%i "C:\Arhives\new_file.txt"

Добавляет ко всем rar архивам найденным в папке C:\Arhives файл new_file.txt, ключ "-ep" указывает что добавлять файл надо без путей.
Если архивы zip, то вместо *.rar пишите *.zip

Для других архиваторов команда добавления в архив и ключи могут быть другими, но это легко посмотреть в справке к конкретному архиватору.