Пишите батник примерно такого содержания:
FOR %%i IN ("C:\Arhives\*.rar") DO WinRAR a -ep %%i "C:\Arhives\new_file.txt"
Добавляет ко всем rar архивам найденным в папке
C:\Arhives файл
new_file.txt, ключ "-ep" указывает что добавлять файл надо без путей.
Если архивы zip, то вместо *.rar пишите *.zip
Для других архиваторов команда добавления в архив и ключи могут быть другими, но это легко посмотреть в справке к конкретному архиватору.