АртемЪ

У провайдеров зачастую бывают проблемы с маршрутами. Банально нет маршрута.

Банк взламываете?
В чем проблема получить доступ к сети с компьютера на котором стоит клиент?

Если вам надо удаленно по сети получать доступ к компьютерам той сети, где стоит клиент, нужно сделать из клиента маршрутизатор, и настроить маршрутизацию.

speedtest-ams3.digitalocean.com показывает 45Mb+ туда сюда

Ну так это тест вообще до площадки, а не до вашего конретного VPS, да и хитрят там часто, ориентироваться на это не стоит.

speedtest - cli с моего vps, выдает цифры сильно превышающие возможности моего канала.

А по подробнее - между какими хостами вы тестировали скорость? Как она может превышать возможности вашего канала?
Скорость то тестировать надо от вашего комьютера до VPS и обратно, и никак иначе.

А вот скорость через softethervpn - down 0.8Mb, up 22.0Mb

Скорость через VPN вообще и через softethervpn в частности всегда ниже скорости канала.
А вот насколько ниже зависит от ситуации.

• Во первых использование VPN это всегда избыточный трафик - соответственно 5-30% полосы у вас может уходить на служебные данные VPN.
  
• Во вторых VPN требует ресурсов компьютера - инкапсуляция и особенно шифрование если есть требует достаточно прилично процессорных ресурсов, и если их не хватает - скорости не будет.
  

В конкретно вашем случае вероятнее всего цифры down 0.8Mb, up 22.0Mb близки к реальной скорости до вашего VPS.

При активном OpenVPN доступ по собственному WAN IP не возможна.

Возможна.
Доступ по основному соединению (WAN) никуда не пропадает после подключения VPN, но есть проблема -
пришел пакет на ваша IP адрес, а ответ вы отправляете через шлюз по умолчанию, который у вас в VPN, в итоге ответ приходит совсем с другого IP адреса, и по этой причине банально уничтожается.

Нужно просто настроить маршрутизацию на вашем роутере - прописать явный маршрут, например для того адреса с которого вы будете заходить в веб админку, чтобы ответ шел не через VPN.

Через интернет? Никак.
Не хватит скорости, задержки в сети большие, а объем трафика приличный. Тем более если используете VPN.

В локальной сети сделать можно - у майкрософта есть поддержка такого в RDP, но заставить это работать не всегда возможно, и работает не идеально.

Хороший роутер вроде микротика способен реализовать такое.
То же самое можно сделать на альтернативных прошивках, и даже в некоторых случаях на штатных прошивках кинетика.

Только вот заворачивать весь трафик не рекомендую.
На многие ресурсы с иностранного IP вы просто не попадете - будет блокировка по адресу.
В общем избавитесь от одной блокировки, попадете на другую. Опять же у зарубежных провайдеров еще и свои блокировки есть.
Скорость будет гарантированно меньше - иногда не сильно, иногда очень сильно.
Пинг будет ужасный.
Когда ресурс заблокировать - ну тут делать нечего, это позволит хоть как-то с ним работать, но вот заворачивать весь трафик это не очень выгодно.

Трафик гораздо лучше заворачивать избирательно - столкнулись с блокировкой, завернули трафик на VPN.
Причем в большинстве случаев даже прокси хватает - берете какой нибудь foxyproxy и для конкретного ресурса указываете использование нужного прокси.

Есть какие-то подходы позволяющие объединить внутренние сети каждой машины через шифрованный интернет-канал не выделяя при этом одну из машин в сервер?

Есть.
Выделите все машины в сервер!

На компьютере с которого подключаетесь нужно сделать две вещи -
1)Запретить при подключении VPN менять шлюз по умолчанию - у вас он меняется на шлюз в удаленной сети, и весь трафик летит туда, и там дропается.
2)Прописать явный маршрут до сервера разработки.

В итоге - шлюз по умолчанию при подключении VPN у вас не будет меняться и все сервера в интернете будут доступны.
А доступ до конкретного сервера разработки будет обеспечивать персональный маршрут.

VPN без белого IP не работает.

Как пробросить порт на подключенную машину в SoftEther VPN?

Правильнее спросить -как пробросить порт в Ubuntu?
SoftEther это просто программа для организации VPN.
Открываете /etc/nat и добавляете нужные правила iptables.

1)Думаю l2tp из за поддержки в большинстве роутеров, хотя можно смотреть по обстоятельствам и использовать несколько вариантов одновременно.
2)При таких масштабах микротик идеален.
3)В идеале - недорогой микротик, чуть похуже - кинетик.
Но вообще с микротиками в регионах избавитесь от зоопарка, сможете централизованно раскидывать конфиги, и решать кучу вопросов по удаленному администрированию.

Я например практикую при работе с удаленными офисами либо флешку в сейфе, либо флешку в микротике с WinPE - если с удаленной машиной все плохо, ОС не грузится и удаленка не работает этот подход в большинстве случаев заменяет удаленному админу ipkvm.

Плюс микротика - возможность держать сразу несколько VPN подключений и возможность гибкой настройки.
Т.е можно сделать чтобы все микротики в филиалах всегда были доступны.

Опять же - нестабильный беспроводной интернет у клиентов, тут желательно для комфортной работы использовать приоретизацию трафика

Могут ли и в каких случаях могут провайдеры видеть использование торрентов?

Могут во всех случаях с достаточной точностью определить этот факт.

Безопасно ли смотреть на сайтах через https ?

Вполне безопасно, как и через http, ftp и torrent.

В таком случае видно ведь только обращение к сайту без содержимого трафика, верно?

Не факт, но в большинстве случаев так.

Пытаюсь поднять OpenVPN сервер по этой инструкции, пробовал по разным, и постоянно выскакивает такая ошибка:

Такое всегда бывает если инструкцию читать невнимательно и выполнять.

В инструкции все разжевано, прям по пунктам, главное их выполнять -

Запускаем командную строку.

Вы запустили командную строку? Нет, не запустили. Зато запустили PS.

Пишите простейший батник в котором через netsh добавляете маршрут до шлюза в VPN, и меняете шлюз по умолчанию на заведомо нерабочий.
Поскольку до VPN прописан явный маршрут - трафик пойдет по маршруту, и все будет работать.
VPN допустим отключился - трафик идет на шлюз по умолчанию, а он недоступен - интернета нет.

Ну и второй батник который будет менять все обратно, для тех случаев, когда надо работать без VPN.

Как запретить VPN соединению пропихивать свой DNS?

VPN ничего не пропихивает, поэтом запрещать нечего.

Система использует DNS сервер прописанынй в настройках сетевого подключения.
Сам по себе он там не появляется, либо вы его прописали туда руками, либо его выдал DHCP сервер.

Смотрите что прописываете, или смотрите что выдает DHCP сервер. Вот и все.

И еще мне непонятно, почему, когда система делает запрос имени у DNS сервера и не получает его,

Система использует исключительно DNS сервер указанный в настройках сетевого подключения, и никакой другой.

Маршрут по умолчанию должен всегда показывать на vpn.
Если отвалится vpn пакеты пойдут по дефолтному маршруту.
С DNS все немного сложнее.