Как-то я работал в школе). Вот что я делал:
1. обязательно файловый сервер, можно на обычном ПК (обязательно с резервным копированием на другой ПК,сервер, винт...).
2. Чат, как вариант vypress chat.
3. Для кабинета информатики Netopschool, управления учениками и т.д.
4. На всех компах учеников настроить "возврат к первоначальному состоянию", до этого у меня руки не дошли.

Все заявки по возможности через систему helpdesk, GLPI например. Ловящим вам на коридоре вежливо просить создать заявку.

Права на папку где лежит .msi у пользователей есть (чтение/запись).

А разве не у компьютеров должны быть права на чтение? msi ставится до входа пользователя.

Вот неплохие задания для новичков:
https://proglib.io/p/become-sysadmin/