Как-то я работал в школе). Вот что я делал:
1. обязательно файловый сервер, можно на обычном ПК (обязательно с резервным копированием на другой ПК,сервер, винт...).
2. Чат, как вариант vypress chat.
3. Для кабинета информатики Netopschool, управления учениками и т.д.
4. На всех компах учеников настроить "возврат к первоначальному состоянию", до этого у меня руки не дошли.