var raw = "В кабинет зашел [id000|Иван Иванов], а там уже сидит [id999|Петр Смирнов]";
console.log(raw);
function clean (text) {
var r = text.replace(/\[id[0-9]+\|/gi, '');
r = r.replace(/\]/gi, '');
return r;
}
var newText = clean(raw);
console.log(newText); // В кабинет зашел Иван Иванов, а там уже сидит Петр Смирнов