Я использовал для синхронизации файлов локального ПК и сервера (скидывал на сервер для доступа остальным) программу
Allway Sync 'n' Go Pro. В бесплатной версии ограничение на количество файлов. При первой синхронизации создает базу в скрытой папке. При синхронизации 100к файлов потратила на сравнение около 1-2 часов. Работает быстро и имеет много настроек. Плюс есть планировщик. Я на работе настроил, чтобы скидывал на сервак в обед, пока меня не было за рабочим местом. При ошибке выдает уведомлении (например, изменился исходный файл или папка удалена, многие вариантов сценариев для обработки уведомлений).
У её три минуса:
1. Платная, но цена небольшая.
2. Создает файлы в папке (база файлов в скрытой папке).
3. Только для Windows, но копировать может на любые носители (usb, ftp, smb и другие).